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AdieuLes jeunes Paul Le Guen, Vincent Guérin et autres Patrick Colleter ne suffisent pas à maintenir le club, qui redescend en D2 en 1988 avec sa jeune génération prometteuse. C'est contre le Racing Club de Strasbourg qu'ils regagnent un an plus tard leur place en élite au terme de barrages qui restent comme un grand moment de l'histoire du club.
De retour en première division, l'équipe brestoise est composée de jeunes joueurs talentueux comme Corentin Martins, David Ginola, le paraguayen Roberto Cabañas ou le futur champion du monde Stéphane Guivarc'h, qui permettent au club de bien figurer dans l'élite. Mais en 1991, malgré la 11e place obtenue par les Brestois en championnat, le déficit important du club entraîne sa relégation administrative en deuxième division4.